あなたのキャラと公式のデフォーマ(≒骨格)を合わせるにはおおまかに3通りの方法が考えられます
①肉の付け方で強引に骨にあわせる
②モーションが使いまわせる範囲で専用スケルトンとモデルを作る
③モデルを基準に専用スケルトンをつくり、モーションも専用で作る
ダメージモーションなどを使いまわす都合上、格闘ゲームでは①と②が一般的です。①なら何も問題は起こりません。③も全部作るので逆の意味で問題がありません。しかし②は内部の挙動を把握して適切な調整が必要です。
[モーションが使いまわせる範囲]とは
モデルのトランスフォームはスケルトンの位置情報が基準です。もしモデル側がデフォーマの位置を動かした場合、メッシュはモデラーのデザインした位置を保持しますが変形は元の位置で行われ、結果がずれてくるという現象が発生します。
ただ現実問題として、肩幅を数センチ変えるくらいの変更では目に見えるほどの差が現れません。試しに調整して出力し、許容範囲であればそれでよしとすることもできます。
[使いまわしができないと判断した場合]
この場合はスケルトンファイルを調整し、専用スケルトン扱いで作り直す必要があります。スケルトンファイルの作成にはSofitmage( or Modtool)が必要なので、Softimageを使えない場合は調整が困難になります。
とりあえずSoftimageは覚えるなり協力者を探すなりして解決できたものとして、使いまわし前提で修正する場合は以下の点に注意してください
・IKモーションなので手足の長さを変えると結果が大きく変わる
特に短くした場合、肘/膝の伸び切りが顕著になります。手足以外も極端に長くしたり短くしたりすれば不自然になりますが、それは微調整の範囲を超えるので完全新規扱いにすべきでしょう。

